Музейная деятельность

За тридцать лет своего существования Музей Мологского края проделал большую научно-исследовательскую, собирательскую и выставочную работу. За это время было собрано более двух тысяч экспонатов, организовано экскурсионное посещение туристами из разных регионов России, а также подготовлена серия масштабных выставок: «Мусины-Пушкины. Жизнь и судьба», «Фёдор Григорьевич Солнцев и его наследие», «Мологская картография», «Последние дни Мологи», «Земля и Море», «Неизвестная Молога. Русская Атлантида» (макет города Мологи) и другие. Ведётся активная издательская деятельность.
В настоящее время экспозиция музея насчитывает около 300 экспонатов, среди которых: дворянская мебель, церковная утварь, вещи домашнего обихода, а также предметы, обнаруженные в ходе археологических раскопок и экспедиций на Рыбинское водохранилище.
Основные выставочные залы располагаются в часовне бывшего рыбинского подворья Мологского Афанасьевского женского монастыря. Тема затопленных земель раскрывается через несколько тематических комплексов. Первый из них рассказывает об истории Мологского края с древнейших времён до начала XX века и содержит многочисленные исторические фотографии и документы. Второй комплекс посвящён затопленным монастырям, и здесь экспонируются уникальные предметы, спасённые в своё время от разорения.
Тематический комплекс «Комната мологжанина» показывает предметы, происходящие из семей переселенцев и бывших жителей затопленных территорий. Раздел «Лики Мологской земли» раскрывает связь Мологи с известными российскими деятелями науки и культуры. Завершает экспозицию тематический комплекс, содержащий уникальные фотографии и документы переселения и затопления 1930—1940-х годов, центральный экспонат этого раздела — макет плота переселенца. Демонстрируются кадры кинохроник 1930-х годов о строительстве Рыбинской гидроэлектростанции, а также видеозаписи рассказов старых мологжан-переселенцев.
В 2021 году экспозиция музея была расширена выставкой «Неизвестная Молога — Русская Атлантида», которая является итогом сотрудничества музея «Рыбинские рыбы» и Музея Мологского края в рамках проекта, поддержанного Фондом президентских грантов. Центральный экспонат выставки — макет города Мологи — разрабатывался большой группой специалистов: историками, архитекторами, инженерами, программистами, художниками, дизайнерами. Все объекты макета (около 400) созданы в масштабе 1:100 по архивным фотографиям, планам и чертежам, а также по личным воспоминаниям мологжан. Именно на этой документальной основе архитектор А. М. Жданов начертил двухмерные планы зданий, после чего были созданы их 3D-модели. Затем все объекты макета были напечатаны из белого пластика на 3D-принтере и раскрашены вручную. Здесь можно увидеть все главные городские храмы и общественные учреждения. На макете Мологи реализовано несколько интерактивных сценариев. Можно услышать воспоминания старых мологжан-переселенцев, а также посмотреть документальный анимационный фильм.